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如果 iPhone 上的短信应用被删除，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、从 App Store 下载：打开 App Store，搜索“短信”或“Messages”，然后在结果中找到并重新下载该应用。
2、从备份恢复：如果设置了备份，可以使用 iTunes 或 iCloud 来恢复手机，这将会恢复所有被删除的应用和设置，这也会恢复其他备份的数据。
3、使用第三方软件恢复：存在一些第三方软件，如EaseUS等，声称可以恢复已删除的应用，但这种方法可能存在一定的风险，因此在使用之前请确保了解相关风险。
如果以上方法均无法解决问题，那么可能需要寻求专业的帮助，可以联系苹果官方客服或者前往附近的苹果专卖店寻求帮助。
即使短信应用消失，短信内容本身不会消失，在成功恢复短信应用后，可以查看短信是否还在“最近删除”的垃圾箱里，如果是自己主动删除的短信应用而不是系统升级导致的，那么这些短信还有可能被恢复，但如果短信内容也被删除了，那么恢复起来可能更为困难，可能需要专业的数据恢复服务。
定期备份手机数据是非常重要的，可以避免因误操作或设备故障导致的数据丢失。